Kościół wybudowany został w latach 1907-1923 według projektu Łukasza Wolskiego. Fundatorem kościoła był Michał Piotr Radziwiłł, od którego imienia tę część Pragi nazywano Michałowem. Inicjatorką budowy i osobą wspierającą rozwój świątyni była jednak jego żona Maria z Kieżgajłłów-Zawiszów Radziwiłłowa. Rozpoczęcie budowy świątyni przypada na czas odnowy życia eklezjalnego w Polsce po ukazie wydanym przez cara w 1905 roku pozwalającym między innymi na tworzenie nowych parafii. Dnia 30 czerwca 1904 roku księżna Maria otrzymała błogosławieństwo papieża Piusa X na budowę świątyni pod wezwaniem Najświętszego Serca Jezusa, która miała powstać na wzór bazyliki św. Pawła za Murami w Rzymie. Ten odręcznie pisany przez Ojca Św. dokument jest do dzisiaj pieczołowicie przechowywany w archiwum parafii.