Centrum św. Jana powstało w roku 1995 w wyniku porozumienia pomiędzy Nadbałtyckim Centrum Kultury a Archidiecezją Gdańską, właścicielem kościoła św. Jana w Gdańsku. Na mocy wzajemnych uzgodnień NCK zobowiązało się do zarządzania odbudową zniszczonego obiektu w celu uruchomienia w nim miejsca łączącego funkcję sali koncertowej i wystawowej. Od początku działania w Centrum św. Jana odbywają się koncerty, pokazy, przedstawienia, wystawy i inne wydarzenia artystyczne.
Głównym założeniem prowadzonej w tym miejscu działalności kulturalnej jest wykreowanie miejsca otwartego na różnorodne projekty i przedsięwzięcia artystyczne, miejsca służącego zarówno artystom, jak i odbiorcom sztuki, miejsca w którym następuje naturalna synchronizacja pomiędzy zachowanym dziedzictwem historyczno-kulturowym a współczesnością.
Głównym założeniem prowadzonej w tym miejscu działalności kulturalnej jest wykreowanie miejsca otwartego na różnorodne projekty i przedsięwzięcia artystyczne, miejsca służącego zarówno artystom, jak i odbiorcom sztuki, miejsca w którym następuje naturalna synchronizacja pomiędzy zachowanym dziedzictwem historyczno-kulturowym a współczesnością.