Pierwotnie w tym miejscu stała kaplica pod wezwaniem św. Krzyża, wzmiankowana w 1510. W 1525 stanął tu drewniany kościółek — filia kolegiaty św. Jana, ufundowany przez wdowę po warszawskim rajcy Martę Möller. Przebudowywany w 1615, w 1653 został przekazany sprowadzonemu tu Zgromadzeniu Księży Misjonarzy - odtąd kościół staje się centralnym domem Zgromadzenia Misji w Polsce[1].
Obecny kościół został zbudowany w latach 1679—1696 w stylu barokowym.
Obecny kościół został zbudowany w latach 1679—1696 w stylu barokowym.